Продюсеры Уолтер Хилл и Дэвид Гайлер присоединились к Ридли Скотту впервые за последние 30 лет, с момента их первого сотрудничества, когда они работали над фильмом «Чужой» (1979).

На роль доктора Элизабет Шоу рассматривались Джемма Артертон, Кэри Маллиган, Оливия Уайлд, Энн Хэтэуэй, Эбби Корниш и Натали Портман.

Роль Чарли Холлоуэя могла достаться Джеймсу Франко.

Изначально, фильм должен был стать приквелом фильма «Чужой» (1979), режиссером которого также является Ридли Скотт. Но им же было принято решение сделать «Прометей» оригинальным фильмом с Нуми Рапас (она ещё тогда была заявлена на роль), которая в итоге стала исполнительницей одной из пяти главных ролей. Спустя время было утверждено, что, несмотря на то, что действие фильма будет происходить в той же вселенной, что и «Чужой» (1979) и во многом ссылаться на него, фактически это будет оригинальный фильм, не являющийся прямым приквелом.

На роль Мередит Викерс рассматривалась Мишель Йео.

По слухам, одну из ролей в фильме мог получить Бен Фостер.

Г.Р. Гигер создавший внешний вид ксеноморфа для «Чужого» (1979) был приглашен консультантом по дизайну чужих для этого фильма.

Чтобы подчеркнуть загадочный характер Мередит Викерс, Ридли Скотт объяснял Шарлиз Терон как замирать, затаившись в углу, и скрытно передвигаться.

Ридли Скотт назвал фильм «Прометей», посчитав, что именно такое название полностью отражает его суть: «Это история создания; история о богах и человеке, который восстал против них». В древнегреческой мифологии слуга богов титан Прометей похитил огонь и передал его людям, что навсегда изменило жизнь человечества к лучшему и худшему одновременно.

В процессе создания фильма Ридли Скотт старался прибегать к помощи компьютерной графики как можно реже, используя ее главным образом в пространственных сценах. Скотт вспомнил совет специалиста по визуальным эффектам Дугласа Трамбалла, который тот дал ему во время съемок фильма «Бегущий по лезвию» (1982): «Если ты можешь сделать это вживую, делай это вживую», а также заявил, что реальные визуальные эффекты гораздо более рентабельны, чем цифровые.

Для раскрутки фильма была использована инновационная вирусная рекламная кампания, состоящая из нескольких видеороликов изображающих мир в ближайшем будущем из фильма. Первым был ролик с речью Питера Уэйланда (Гай Пирс) на конференции «TED», от 2028 года. Затем вышли две различные версии рекламы андроида «David 8» (Майкл Фассбендер). Эти видеоролики были придуманы Ридли Скоттом и Дэймоном Линделофом, а поставлены Люком Скоттом (сыном Ридли).

Ридли Скотт предложил актерам «пожить» в декорациях на съёмочной площадке, но этого не произошло из-за нарушений по технике безопасности и возможной угрозы здоровью актеров.

Шведская актриса Нуми Рапас много тренировалась для своей роли, чтобы говорить с британским акцентом.

Логан Маршалл-Грин охарактеризовал свою роль Чарли Холлоуэя как специалиста по всемирным экстремальным играм с кабельного спортивного канала «ESPN», который смотрит, прежде чем прыгает.

Шарлиз Терон пришлось нелегко во время съёмок экшн-сцен из-за привычки к курению, особенно во время сцен, где ей нужно было бегать по песку в обуви весом четырнадцать килограммов.

Первоначально фильм должен был называться «Рай», так планировалось в декабре 2010 года.

Оператор Дариуш Вольски убедил Ридли Скотта, что фильм можно снять в 3D с той же легкостью и эффективностью, как и обычный фильм. Компания «3ality Technica» предоставила оборудование для облегчения 3D-съемки и обучала персонал работе с ним. Так как съёмки 3D-фильмов требуют более высокого освещения на съёмочной площадке, темная мрачная атмосфера, присущая фильмам о чужих, была добавлена на завершающем этапе.

В фильме содержится около 1300 кадров со спецэффектами.

7 мая 2012 года, Гильермо дель Торо заявил, что его длинная запланированная подготовка для фильма «Хребты безумия» была отложена на неопределенный срок, как только он почувствовал, что подход в фильме Ридли Скотта был очень схож с тем, как он работал над повестью Лавкрафта, вплоть до того, что «были бы почти идентичные сцены, одинаковые ветви сюжета и точно такие же откровения в конце».

При подготовке к роли Дэвида Майкл Фассбендер посмотрел такие фильмы как: «Бегущий по лезвию» (1982), «Человек, который упал на Землю» (1976), «Слуга» (1963) и «Лоуренс Аравийский» (1962). Фассбендер также изучал олимпийского чемпиона по прыжкам в воду Грега Луганиса, черпая вдохновение в его физических качествах.

По словам Ридли Скотта, вдохновением к сюжету фильма послужили работы Эриха фон Деникена о пребывании в далеком прошлом на Земле инопланетных космонавтов: «И NASA, и Ватикан согласны, что математически это почти невозможно, чтобы мы были там, где находимся сегодня, без наличия небольшой помощи на этом пути. Вот что нас интересует: мы говорим о богах и инженерах, инженерах пространства. Были ли чужие задуманы как форма биологического оружия, или как нечто, что придет и очистит планету?».

Сцена, которая открывает фильм, была отснята в Исландии. Вся съемка заняла две недели.

Во время полёта Дэвид смотрит картину Дэвида Лина «Лоуренс Аравийский» (1962) и пытается повторить прическу главного героя в исполнении Питера О'Тула.

Ридли Скотт обратился в Лондонский Университет по изучению стран Востока и Африки, чтобы найти специалистов, которые могли бы помочь в создании нового языка для фильма. В итоге Анил Бильту (Anil Biltoo), из языкового центра этого университета, взялся за работу по созданию языка, а так же письменности инопланетян, которую можно видеть на протяжении всего фильма. Самого Анила можно увидеть в сцене с Майклом Фассбендером.

Первые кадры наскальных рисунков в начале фильма, которые показывают лошадь в движении, взяты из пещеры Шове на юге Франции. Об этих рисунках Вернер Херцог снял документальный фильм «Пещера забытых снов» (2010) (кстати снят он тоже в 3D).

Это не единственная роль Йена Уайта (он играет последнего инженера) связанная с серией фильмов про «Чужих». Уайт так же играл Хищников в серии фильмов «Чужой против Хищника».

На конференции, когда Шоу обсуждает свои находки, на заднем плане можно увидеть надпись «Eilean a' Cheo». В переводе с шотландского (кельтского) это означает «Остров Туманов», этот остров так же называют Скай, и его название правильно писать «An t-Eilean Sgitheanach».

Три треугольника – логотип корпорации Вейланд (который визуально похож на логотип The Weinstein Company) на самом деле происходит от рисунка на стене на фоне в ранней картине Рона Кобба изображающей «Космического пилота» для оригинального фильма про «Чужих». Этот логотип можно видеть в отпечатках пальцев Дэвида.

Как упоминалось в фильме, Прометей – персонаж из греческой мифологии. Он был титаном (бессмертным), который подарил людям огонь. Прометей был наказан за это, он был привязан к скале в Колхиде, куда каждый день прилетал орел (символ Зевса), чтобы клевать его печень. И только она успевала отрасти, как на следующий день орел прилетал и съедал ее вновь. В некоторых сказаниях, Прометея в конце концов освобождает Геракл (Геркулес). Среди древних греков Прометей почитался как божество. Прометей может происходить от греческого «предвидящий» или от прото-индо-европейского «вор». Прометей так же обманул богов, что имеет значимость для фильма.

Когда Викерс спрашивает Дэвида, как долго они были в гипер-сне, он отвечает: «2 года, 4 месяца, 18 дней, 36 часов, 15 минут». Непонятно почему день должен быть длиннее, чем стандартные 24 часа, и почему он не сказал «19 дней, 12 часов».

Ридли Скотт решил не показывать ксеноморфов в фильме, потому как «сиквелы выжали из них максимум, и всё было отлично… но я никоим образом не собираюсь к ним возвращаться». Фильм всё же является косвенным приквелом к «Чужому» (1979), и Скотт решил показать предков чужих, родителей ксеноморфов.

Имена андроидов в фильмах о чужих идут в алфавитном порядке: Ash в «Чужом»; Bishop в «Чужих» и «Чужом 3»; Call в «Чужом 4: Воскрешение». В «Прометее» — David.

Когда капитан Янек заигрывает с Мередит Викерс, она утверждает, что находится на расстоянии «полмиллиарда миль» от других людей. Это расстояние едва-едва укладывается от Солнца до Юпитера, не говоря уже о других солнечных системах.

Скафандры экипажа Прометея сделаны очень странным образом: они могут выдержать свирепую песчаную бурю и на них не остается даже царапины, но они легко рвутся, когда несчастный астронавт ломает руку или когда от удара разбивается шлем.

Когда Шоу выходит из спасательной капсулы на ней надет шлем, но нет перчаток. В следующем кадре она в перчатках.

После того как на шлем Холлоуэйя попадает кровь «Чужого», она расплавляет пластик и капает ему на лицо оставляя огромный отпечаток. Позже, когда остальные члены команды выходят из корабля, чтобы спасти его, у него лишь небольшая пробоина в шлеме.

Момент, когда доктор Шоу хватает топор, происходит мгновенно, от кадра снятого из-за нее, к кадру перед ней.

Много раз во время начального исследования планеты показывают как шлемы персонажей очищают паром, и затем в следующем кадре они абсолютно прозрачные.

Дэвид спасает Элизабет и Чарли от песчаной бури «разрезающей скафандры», и в следующей же сцене в шлюзовой камере мы видим, что костюмы без единой царапины.

Когда доктор Шоу заходит на корабль, который совершил аварийную посадку на планету, можно видеть книги и вещи раскиданные повсюду, но бутылка водки стоит на барной стойке как ни в чем не бывало рядом со шлемом и неким контейнером.

Когда Викерс стоит перед Вейландом и говорит о том, почему она отправилась в путешествие, ее руки меняют положение несколько раз. В одном кадре они перед ней, а в следующем уже за ней.

Когда во время песчаной бури спасают доктора Элизабет Шоу, доктор Холлоуэй называет ее «Нуми».