Постановка сцены схватки со скелетами, которая длится не более трёх минут, заняла четыре месяца. До сих пор работа Рэя Харрихаусена в ней признаётся вершиной визуальных эффектов в кино.

Щиты воинов-скелетов используют изображения других существ, воссозданных Рэем Харрихаусеном, включая гигантского осьминога и голову Имира из фантастической киноленты «20 миллионов миль от Земли».

Стремясь воспользоваться успехом картины «Седьмое путешествие Синдбада» (1958), оригинальной задумкой режиссёра было создание сиквела с названием «Синдбад в эпоху муз». Действие сюжета должно было разворачиваться в Древней Греции, а главным героем стать Синдбад, примкнувший к походу аргонавтов.

Голос Тодда Армстронга, сыгравшего Ясона, был дублирован британским актёром Тимом Тёрнером. Он приобрёл большую известность чтением закадровых текстов во многих британских фильмах 50-70-х годов и популярных телесериалах того периода.

В США предыдущие работы Рэя Харрихаусена в основном показывались в качестве одного из фильмов на сдвоенных сеансах во второразрядных кинотеатрах. В то же время для «Ясона и аргонавтов» студия Columbia Pictures смогла забронировать многие кинотеатры высшего разряда с одиночными показами.

На ранних стадиях разработки сценария аргонавтам предстояло встретиться с монстрами-близнецами Сциллой и Харибдой, трёхглавым псом Цербером и кентавром.

Голос Нэнси Ковак, сыгравшей Медею, был дублирован Евой Хаддон, известной в те годы по работе на радио BBC.

Во время съёмок плавания «Арго» у берегов Италии работа неожиданно была прервана появлением в кадре точной копии средневекового галеона Френсиса Дрейка «Золотая Лань». Как оказалось рядом проходили съёмки британского сериала «Сэр Френсис Дрейк» (1961) и по ошибке два корабля оказались совсем близко друг от друга. Последовавшее вслед за этим обоюдное замешательство удалось разрядить продюсеру Чарльзу Х. Шнееру, который находчиво крикнул «Убирайтесь со своим кораблём отсюда. Вы заплыли не в то столетие».

Съёмки картины проходили в сентябре-октябре 1961 года в Италии, а затем в павильонах Shepperton Studios в Англии.